המילון המקראי הסמוי מן העין מתחקה אחר דרכיה של המילונאות המקראית, כפי שזו באה לידי ביטוי בגופו של ספר התנ"ך. אל הדחף לפרש מילים, שימיו כימי הלשון, מצטרף כוח היצירה של סופרי המקרא המוצאים אפיקים מקוריים ומגוונים לבטא את פרשונתם למילים. הספר מתמקד בביאורים סמויים הרומזים למילים שאינן מופיעות בגוף הכתוב ולפעמים אף אינן מתועדות במקרא.
