לילה אחד חודר גנב למעבדתו של דוקטור עמנואל מרגוליס, השוקד לשים קץ לכל מכאובי הלב והנפש של האנושות, וגונב תרופה שנועדה לרפא את אשתו המאושפזת בבית חולים פסיכיאטרי. האחים יונתן ואלה מרגוליס עוקבים אחרי הגנב ומגיעים לעולם של בבל - ממלכה מופלאה שבה הכישוף ומדע, שדים ומכונות, מתערבים זה בזה.
על בבל מפיל את חתתו מסדר הנלחם בנגע איום - מגפת הכתמים האפלים , שמקורה בתהום האורבת במים שמתחת לאדמה. בממלכה נפוצה שמועה על הגחתו של כוח חדש ומסתורי המכונה "הלוויתן". אט-אט מתבררים ליונתן ולאלה מקומם ותפקידם בסדר הדברים.
ביצירת פנטזיה אפית מקורית ונועזת, השואלת מוטיבים מן המיתולוגיה היהודית, הבבלית, השומרית והאכזרית ומזקקת מהם יקום והיסטוריה חדשים ומסעירים מגוללת הגר ינאי את קורותיהם של יונתן ואלה, של הילל בן שחר המורד ויורשת העצר נין- אורמוז במלחמתם לחופש, לאנושויות ולהגדרה עצמית.
הלוויתן מבבל הוא חלקו הראשון של סיור עלילה רחב יריעה. זהו ספרה השלישי של הגר ינאי.
